秘密基地（ひみつきち、Secret base）是丰缘地区和神奥地区独有的特殊场所。玩家可以在秘密基地里布置各种家具、饰品和精灵玩偶。
第三世代
丰缘地区大多数的道路都有可以创建秘密基地的条件，比如大树垂下的枝藤、墙上的缺口或者是大簇的草丛。当然，主要的条件是你必须有一只学会秘密力量（TM43）的精灵。
训练师可以按自己喜欢的方式任意布置秘密基地，但是至多只能摆放16个装饰品。
第四世代
与第三世代不同，第四世代的秘密基地只能建于地下世界，训练师可以在地下的任意墙壁使用挖掘钻头，来创建自己的秘密基地。
